Das Inzigkofer Klostermuseum ist im Erdgeschoss des spätgotischen Mesnerhauses untergebracht. Neben dem Museumsraum ist während der Öffnungszeiten der frühbarocke Kreuzgang aus der Klosterzeit zugänglich.
Das Museum präsentiert ausgewählte Schätze zu Geschichte, Frömmigkeit und Kunstschaffen des ehemaligen Augustinerchorfrauenstifts Inzigkofen. Rund 20 Exponate vermitteln in sieben Themengruppen einen spannenden Einblick in das Leben und die Spiritualität der Inzigkofer Klosterfrauen vom Spätmittelalter bis zur Säkularisation.
Die besondere Aufmerksamkeit gilt der Baugeschichte des Klosters, den wirtschaftlichen Grundlagen der Frauengemeinschaft, der Klausur und dem klösterlichen Alltag, den in Inzigkofen praktizierten Formen der Frömmigkeit, den kunsthandwerklichen Klosterarbeiten und schließlich der Säkularisation und der sich anschließenden „fürstlichen Zeit“ Inzigkofens.
Besondere Glanzstücke des Museums sind die reich verzierte Eisentür zur früheren klösterlichen Schatzkammer aus dem 17. Jahrhundert mit dem geheimen Schließmechanismus, die barocke Skulptur einer Augustinerin bei der Kreuzbetrachtung, eine spätgotische Mondsichelmadonna mit Jesuskind, eine Reliquienpyramide aus dem 18. Jahrhundert und nicht zuletzt eine in Handarbeit der Nonnen gefertigte Weihnachtskrippe mit Gewandfiguren und Wachsköpfen aus der Zeit nach der Aufhebung des Klosters.
