Das Kloster wurde zwischen 1191 und 1196 gegründet. Uta berief den Orden der Prämonstratenser in das Kloster. Sie verwalteten auch die zum Kloster gehörenden Güter und betreuten die umliegenden Pfarreien. Seit dem späten 13. Jahrhundert kamen viele Pilger nach Allerheiligen.
Den Mönchen lagen die Menschen der umliegenden Gemeinden am Herzen. Bereits im späten Mittelalter unterrichteten sie die Kinder der Umgebung. Seine letzte Blüte erlebte das Kloster im 18. Jahrhundert durch ein überregional anerkanntes Gymnasium.
Der Orden führte das Kloster bis zum Ende des Schuljahres 1803. Danach standen die Gebäude leer und wurden 1816 auf Abbruch versteigert. Die Reste der einst bedeutenden Anlage erlangten erst wieder Beachtung, als etwa um 1840 die nahen Wasserfälle mit Leitern und Treppen erschlossen wurden. August von Bayer, der erste badische Konservator, setzte sich ab 1844 für den Erhalt Allerheiligens ein.